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R kernel for Jupyter のインストール - Mac OS X 10.10 Yosemite

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R kernel for Jupyter のインストレーション

R コンソールからコマンドを入力するインストールする方法が載っている。

Mac OS X Yosemite でインストールに成功

1. R-3.2 へのバージョンアップ

R-3.2 へのバージョンアップを次に従って行った。

  • Installing R with Homebrew

    brew cairo   # これをインストールしてから作業をを始めると改善が見られた
    
    brew install cask
    brew install Caskroom/cask/xquartz 
    brew install r
  • R のインストール先は次になっている。~/usr/local/bin/R
  • R コンソールと RStudio から実行でることを確認した。

2. IRkernel のインストール

"Installing from source packages (default on Linux and Mac OS X) " に従って実行した。

R コンソールから実行する。

  1. R packages のインストール。
  2. kernel を Jupyter で使えるようにする。

3. 実行

jupyter notebook

4. パッケージのインストール

 Rコンソールまたは RStudio で install.packages( ) を使ってインストールすれば IRkernel に反映される。

5. 警告メッセージが現れる

警告メッセージ:
1:  svg(tf, width, height, pointsize, FALSE, family, bg, antialias) で:
   共有ライブラリ '/usr/local/Cellar/r/3.2.2_1/R.framework/Resources/library/grDevices/libs//cairo.so' を読み込めません:
  dlopen(/usr/local/Cellar/r/3.2.2_1/R.framework/Resources/library/grDevices/libs//cairo.so, 6): Library not loaded: /usr/local/lib/libjpeg.8.dylib
  Referenced from: /usr/local/opt/libtiff/lib/libtiff.5.dylib
  Reason: image not found
2:  svg(tf, width, height, pointsize, FALSE, family, bg, antialias) で:
  failed to load cairo DLL
3:  file(con, "rb") で:
   ファイル '/var/folders/58/d5_2tdvd2tb8hz_nz4rgwzx00000gn/T//Rtmp3v63gi/fileef659cec51b.svg' を開くことができません: No such file or directory

検索すると次の報告が見つかった。

[R-SIG-Mac] cairo devices not working in 3.2.0

その後:

  • brew cairo これをインストールしてから Rのインストール作業を始めると改善が見られた。

まとめ

  • Mac OS X 10.10 で インストールに一応成功した。
  • Homebrew で R をインストールすることで IRkernel のインストールに成功した。
  • cairo.so に関する警告メッセージが現れる。今後の課題です。

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