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R kernel for Jupyter のインストレーション
R コンソールからコマンドを入力するインストールする方法が載っている。
Mac OS X Yosemite でインストールに成功
1. R-3.2 へのバージョンアップ
R-3.2 へのバージョンアップを次に従って行った。
-
brew cairo # これをインストールしてから作業をを始めると改善が見られた brew install cask brew install Caskroom/cask/xquartz brew install r
- R のインストール先は次になっている。
~/usr/local/bin/R
- R コンソールと RStudio から実行でることを確認した。
2. IRkernel のインストール
"Installing from source packages (default on Linux and Mac OS X) " に従って実行した。
R コンソールから実行する。
- R packages のインストール。
- kernel を Jupyter で使えるようにする。
3. 実行
jupyter notebook
4. パッケージのインストール
Rコンソールまたは RStudio で install.packages( ) を使ってインストールすれば IRkernel に反映される。
5. 警告メッセージが現れる
警告メッセージ:
1: svg(tf, width, height, pointsize, FALSE, family, bg, antialias) で:
共有ライブラリ '/usr/local/Cellar/r/3.2.2_1/R.framework/Resources/library/grDevices/libs//cairo.so' を読み込めません:
dlopen(/usr/local/Cellar/r/3.2.2_1/R.framework/Resources/library/grDevices/libs//cairo.so, 6): Library not loaded: /usr/local/lib/libjpeg.8.dylib
Referenced from: /usr/local/opt/libtiff/lib/libtiff.5.dylib
Reason: image not found
2: svg(tf, width, height, pointsize, FALSE, family, bg, antialias) で:
failed to load cairo DLL
3: file(con, "rb") で:
ファイル '/var/folders/58/d5_2tdvd2tb8hz_nz4rgwzx00000gn/T//Rtmp3v63gi/fileef659cec51b.svg' を開くことができません: No such file or directory
検索すると次の報告が見つかった。
[R-SIG-Mac] cairo devices not working in 3.2.0
その後:
brew cairo
これをインストールしてから Rのインストール作業を始めると改善が見られた。
まとめ
- Mac OS X 10.10 で インストールに一応成功した。
- Homebrew で R をインストールすることで IRkernel のインストールに成功した。
- cairo.so に関する警告メッセージが現れる。今後の課題です。